ধারণা করা হয়, কুতুবদিয়া দ্বীপটি বঙ্গোপসাগরের বুকে ১৪শ শতকে জেগে ওঠে এবং ১৫শ শতকে মানুষের পদচারণ শুরু হয়। সেই সময় মগ ও পর্তুগিজ জলদস্যুরা দ্বীপ ও আশপাশের এলাকায় ত্রাস সৃষ্টি করত। এ পরিস্থিতিতে কয়েকজন সুফি-দরবেশ দ্বীপে আগমন করেন। তাঁদের মধ্যে অন্যতম ছিলেন কুতুবউদ্দিন, যিনি এখানকার মানুষদের নিরাপত্তা দিতে ও দ্বীপে ইসলামি চেতনার বিস্তার ঘটান। তাঁর নাম অনুসারেই দ্বীপটির নাম হয় কুতুবদিয়া, যা স্থানীয়ভাবে ‘কুতুব আউলিয়ার দেশ’ নামেও পরিচিত।